LADR Facharztlabore fahnden nach Virusmutationen in allen SARS-CoV-2-PCR-positiven Proben

Nach bisherigem Stand der Wissenschaft stellt die Mutation N501Y des Coronavirus derzeit eine ernstzunehmende Bedrohung für eine zunehmende Ausbreitung von Covid-19-Fällen in Europa und damit in Deutschland dar. Die Labore im LADR Laborverbund setzen daher nicht nur die im Rahmen der Coronavirus-Surveillanceverordnung (CorSurV) vorgesehene Sequenzierung von 5% der SARS-CoV-2-PCR-positiven Proben um. Vielmehr haben die Labore vom 25. bis 31.01.2021 in einer breit angelegten Initiative mittels spezifischer PCR-Verfahren alle PCR-positiven Proben auf die Mutation N501Y (B.1.1.7) einem Screening unterzogen. Diese Daten wurden auch über die bekannten Meldewege dem Öffentlichen Gesundheitsdienst zur weiteren Bewertung zur Verfügung gestellt.

Seit dem 01.02.2021 werden die in LADR Laboren erhobenen positiven SARS-CoV-2-PCR-Proben, die eine hohe Viruskonzentration als Erstbefund zeigen, weiterhin mittels PCR-Folgeuntersuchungen auf die genannten Mutationen untersucht. Die Analyse erfolgt zusammengefasst nach Regionen für die LADR Facharztlabore im LADR Zentrallabor, im LADR Laborzentrum Recklinghausen bzw. im LADR Laborzentrum Nord-West.

Für die in Großbritannien erstbeschriebene B.1.1.7-Variante ist das Vorhandensein der klinisch relevanten Mutation N501Y und der Deletion 69-70 charakteristisch. Auch in der in Südafrika (B.1.351) und Brasilien (B.1.1.28) erstbeschriebenen Virusvariante ist die Mutation N501Y nachweisbar. Daher werden zunächst die positiven SARS-CoV-2-PCR-Proben mit ausreichend hoher viraler RNA-Konzentration gezielt mit einer zweiten PCR analysiert, die nach der Mutation N501Y sucht. Ist N501Y vorhanden, folgt eine dritte PCR zur Suche nach der Deletion 69/70 für die „britische“ Virusvariante. Die Ergebnisse werden an die LADR Einsender und Gesundheitsämter reportiert. Die In diesem Mutations-Screening nicht als „englische“ Variante identifizierten Proben werden durch eine Gesamt-Genomsequenzierung tiefergehend charakterisiert. Damit ist eine genaue Zuordnung zu allen weltweit zirkulierenden Virusvarianten durch das Nationale Konsiliarlabor möglich.

Das RKI hat zudem eine Handlungsanleitung für primärdiagnostizierende Labore zur Auswahl von SARS-CoV-2-positiven Stichproben für die Sequenzierung im Rahmen der CorSurV erlassen: » Handlungsanleitung für primärdiagnostizierende Labore

Auch bei der zufälligen Auswahl für die Vollgenomsequenzierung sollen gemäß Testverordnung repräsentative Stichproben nur aus positiven PCR-Nachweisen mit hoher Viruskonzentration (Ct-Werten ≤25) eingeschlossen werden.

Download: LADR informiert 320 „Wie aussagekräftig ist der Ct-Wert?“

» zum Fachbeitrag Ct-Wert

 

Spike Prot. Variation Genetic Variation

UK

B.1.1.7

South Africa

B.1.351

Brasil

B.1.1.28

Nigeria

B.1.1.238

COH-20G

B.1.2

DK mink

Clust V
ΔH69/70V del21765-70 x         x
Δ Y144 del21991-93 x          
K417T A22812C     x      
K417N G22813T   x        
N439K C22879A            
Y453F A22920T           x
E484K G23012A   x x      
N501Y A23063T x x x      
A570D C23271A x          
D614G A23403G x x x x   x
Q677H G23593C         x  
P681H C23604A x     x    
D1118H G24914C x          
V1176F G25088T     x      

Der diagnostische Algorithmus der gezielten Untersuchung auf die britische (UK)-Mutationsvariante ist die PCR-Suche auf die Mutation N501Y gefolgt vom PCR-basierten Nachweis der Deletion 21765-70 (delH69/70V).

Dieser Beitrag wurde am 03.02.2021 aktualisiert.